要去这些岛屿，你得先完成关都地区的主线剧情，也就是打完八个道馆并成为联盟冠军，这样大木博士才会给你后续任务。接着你得去枯叶市的港口，那里停着叫海狮号的渡轮，你得先从博士助手那里拿到一张行船票才能上船。有了票，跟渡轮对话就可以选择目的地，一岛通常是旅程的第一站。记得出发前把队伍整理好，带够精灵球和伤药，岛上可没有回头路让你临时补给哦。

上船到了第一岛之后，你会发现这里跟关都不太一样，风景和遇到的训练家都变了。一岛上有个挺显眼的火山，也就是灯火山，里面住着传说中的火焰鸟，喜爱收集神兽的兄弟可别有失。岛上还有个宝贝屋，可以跟NPC交换宝可梦，有时候能换到稀有的品种。寻觅火山洞穴的时候得留意，有些地方需要碎岩术才能开路，因此队伍里最好有会这个秘传技能的宝可梦。逛得差不多了，就可以回码头找船长，跟他对话就能解开去二岛的航线了。

坐船来到第二岛，一下船你也许就会注意到地图中间有只卡比兽在睡大觉，直接把路给堵死了。想叫醒它必须得有宝可梦笛子，这个笛子得回关都地区的紫苑镇拿。你先得去彩虹市的火箭队游戏中心打败里面的成员，拿到希鲁夫观测镜，接着去紫苑镇的幽灵塔顶层救出富士老人，他之后会在宝可梦救助所把笛子送给你。拿到笛子再回二岛对卡比兽运用，它就会醒来让开路。这个岛东南角有个回忆技能小屋，可以让宝可梦从头学会以前忘掉的技能，不过需要消耗特定树果。

搞定二岛的事务后，继续找船长对话就能出发去第三岛。三岛给人的感觉更热闹一些，岛上有些自称暴走族的训练家会在路上拦着你挑战，壹个个打败他们才能继续前进。岛上的主要剧情是帮一位父亲找他走失的女儿，这个小女孩跑到了岛上的树果森林里。你得一路往北走，穿过吊桥进入森林，在深处找到她被一只素利柏吓到，赶走或者收服那只素利柏就能把女孩安全带回去。完成这个任务后，通常还能从女孩父亲那里得到月亮石之类的谢礼。